根據《印發深圳市建筑工務署職能配置內設機構和人員編制的規定》（深府辦[2004]72號）和《關于調整市建筑工務署體制的通知》（深編[2012]52號）規定，深圳市建筑工務署為市政府直屬正局級行政管理類事業單位。

主要職能有：負責市政府投資建設工程項目（水務和交通工程項目除外）的資金管理、前期審批事項報批、招投標管理、預決算和投資控制管理，政府公共房屋本體結構性維修工程的監督管理，對部分適合的建設項目組織實施代建制。

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